وقتی خبر شهادت حضرت موسی کاظم علیه السلام  در مدینه شایع شد، مردم به در خانه ام احمد، مادر حضرت شاه چراغ «احمد بن موسی» گرد آمده و حضرت سید میر احمد را با خود به مسجد بردند، زیرا از جلالت قدر و شخصیت بارز و اطلاع بر عبادات و طاعات و نشر شرایع و احکام و ظهور کرامات و بروز خوارق عادات که در آن جناب سراغ داشتند، گمان کردند که پس از وفات پدرش امام موسی بن جعفر علیه السلام امام بحق و خلیفه آن حضرت فرزندش «احمد» است.به همیت جهت در امر امامت با آن حضرت بیعت کردند و او نیز از مردم مدینه بیعت گرفت، سپس بر منبر بالا رفت، خطبه ای در کمال فصاحت و بلاغت انشاء و قرائت فرمود، آنگاه تمامی حاضرین را مخاطب ساخت و خواست که غائبین را نیز آگاه سازند و فرمود: همچنان که اکنون تمامی شما در بیعت من هستید، من خود در بیعت برادرم علی بن موسی علیه السلام می باشم، بدانید بعد از پدرم برادرم «علی» امام و خلیفه ی بحق و ولی خداست. و از جانب خدا و رسول صلی الله علیه و آله و سلم او، بر من و شما فرض و واجب است که امر آن بزرگوار را اطاعت کنیم و به هر چه امر فرماید گردن نهیم.
پس از آن شمه ای از فضایل و جلالت قدر برادرش علی علیه السلام را بیان فرمود، تا آنجا که همه حاضران گفته های آن بزرگوار را اطاعت کردند، ابتدا او بیعت را از مردم برداشت، سپس گروه حاضران در خدمت احمد به در خانه حضرت امام علی بن موسی علیه السلام آمده همگی با آن جناب بر امامت و وصایت و جانشینی امام موسی بن جعفر علیه السلام بیعت نمودند. و حضرت امام رضا علیه السلام درباره برادرش احمد دعا کرد و فرمود: همچنان که حق را پنهان و ضایع نگذاشتی، خداوند در دنیا و آخرت تو را ضایع نگذارد.حضرت امام رضا(ع)پس از حضورشان در ایران به برادران و خواهرانشان نامه می نویسند و آنها را به حضور در ایران دعوت می نماید.حضرت احمد بن موسی شاهچراغ(ع) نیز در همین سنوات(198 تا 203 ه.ق) به همراه دو تن از برادرانش به نامهای محمد و حسین و گروه زیادی از برادرزادگان،خویشان و شیعیان، بالغ بر دو یا سه هزار نفر از طریق بصره عازم خراسان شدند و از هر شهری که می گذشتند، بر تعداد همراهانشان افزوده می شد، به طوری که برخی از مورخان تعداد یاران احمد(ع) را نزدیک به ۱۵هزار نفر ذکر کرده اند.در همین احوال،مامون عباسی، امام رضا(ع) را مسموم و به شهادت می رساند.مامون پس از اطلاع از حرکت حضرت احمد بن موسی(ع) برادر بزرگوار امام رضا و یارانش به قصد خراسان، به تمام فرمانداران خود دستور داد هر کجا از سپاه احمدی بیایند مقتول سازند.این دستور به هر شهری که می رسید، کاروان از انجا گذشته بود، مگر در شیراز که پیش از رسیدن کاروان احمد(ع)، حکم به حاکم وقت(قتلغ خان)رسید. وی با لشکری انبوه از شهر خارج شد و در برابر سپاه حضرت احمد(ع) اردو زد.احمد بن موسی(ع) در دو فرسنگی شیراز با قتلغ خان روبرو شد. در آن جا خبر شهادت برادرش امام رضا(ع) انتشار یافت، و به حضرت خبر دادند که اگر قصد دیدن برادر خود را دارید، بدانید که وی فوت شده است.حضرت احمد که وضع را چنین دید،‌ دانست که برادرش در طوس شهید شده و برگشتن به مدینه و یا غیر آن ممکن نیست و این جماعت به قصد مقاتله در این جا گرد آمده اند. بنابراین، اصحاب و یاران خود را خواست و جریان را به آگاهی همه رساند و افزود قصد این ها ریختن خون فرزندان علی بن ابی طالب(ع) است، هر کس از شما مایل به بازگشت باشد یا راه فراری بداند، می تواند جان از مهلکه به سلامت برد که من چاره ای جز جهاد با این اشرار ندارم. تمامی برادران و یاران حضرت احمد(ع) عرض کردند که مایلند در رکاب وی جهاد کنند. آن بزرگوار در حق آن ها دعای خیر کرد و فرمود: پس برای مبارزه،‌ خود را آماده سازید.سپاه قتلغ خان در برابر یاران احمد بن موسی(ع) صف های خود را آراستند، و جنگ نابرابری آغاز شد. در نتیجه ی رشادت و فداکاری یاران حضرت احمد(ع)، دشمن شکست خورد و عقب نشینی کرد. این جدال در چندنوبت ادامه یافت. در پیکار آخر سپاهیان قتلغ خان شکست خوردند و ناچار از محل درگیری،‌ قریه کُشن تا نزدیک برج و باروی شهر شیراز به مسافت سه فرسخ عقب نشستند و از ترس به درون حصار شهر پناه بردند و دروازه های شهر را محکم بستند. احمد بن موسی (ع) به اردوگاه خویش،در قریه کُشن،نزدیک یاران خویش بازگشت.
در این نبرد، عده ای از امامزادگان و اصحاب احمد بن موسی(ع) زخمی و تعدادی نزدیک به سیصد نفر به شهادت رسیدند.
روز دیگر، احمد بن موسی(ع)یاران خود را به پشت دروازه شهر شیراز منتقل کرد و همان جا خیمه زد. قتلغ خان که دریافت قادر به پیکار با احمد بن موسی(ع) نیست و با وجود عشق و فداکاری که در سپاه حضرت موج می زند، توان مقابله مردانه با آنها را ندارد، طرح نیرنگی را ریخت تا بلکه با این روش بر آن ها فایق آیند. بر اساس نیرنگ و توطئه طراحی شده،‌ جمعی از سپاهیان جنگ آزموده ی خود را با شیوه جنگ و گریز به صفوف یاران احمد بن موسی(ع) گسیل داشت و به آن ها دستور داد در اولین درگیری وانمود به عقب نشینی و شکست کنند و به سوی دروازه های شهر بازگردند.یاران و برادران حضرت شاهچراغ با این خدعه وارد شهر شدند، دشمن مکار، دروازه های شهر را بست و به یاران حضرت حمله ورشدند.در نتیجه توطئه دشمن بسیاری از یاران احمد بن موسی(ع)به شهادت رسیدند و عده ای نیز که از نیرنگ دشمن به سلامت گریخته بودند، ‌در اطراف پراکنده شدند. 
حضرت احمد بن موسی(ع)نیز مورد تعقیب دشمن قرار گرفت و قتلغ خان با شمار زیادی از سپاهیان خود به آنها هجوم برد. احمد بن موسی(ع) شجاعانه در مقابل دشمن به تنهایی با لشکر انبوهی به نبرد پرداخت. دشمن چون دید از عهده او برنمی آید، ‌شکافی در جایگاه استراحت وی ایجاد کرد و از پشت بر سرش شمشیر زد؛ سپس خانه را بروی پیکر مطهر خراب کرد، و بدن ایشان در زیر توده های خاک، در محلی که هم اکنون مرقد و بارگاه اوست،‌ پنهان شد.