بیعت عقبه اول
هنگامی که موسم حج سال یازدهم بعثت رسيد، دوازده نفر از انصار مدينه به منظور تكميل بيعت سال گذشته به سوى مكه رهسپار شدند؛ اين دوازده نفر كه ده نفرشان از قبيله خزرج و دو نفرشان از قبيله اوس بودند با رسول خدا (ص) بيعت كردند. بيعت ايشان به بيعت عقبه اول معروف شد. آنها در این دیدار با رسول خدا (ص) بیعت کردند، که محتوای این بیعت چنین بود که مسلمانان انصار متعهد شوند که: «به خداوند شرک نورزند، دزدی و زنا نکنند، فرزندانشان را نکشند، دروغ در مورد اولادی که در میانشان می‌آید، نگویند، در کار معروف عصیان نورزند، و هر کس چنین کند، پاداش وی بر خداست و کسی که نکند، بر خداست که او را عذاب کند یا ببخشاید.»
بیعت عقبه دوم
 در موسم حج سال سيزدهم بعثت، جمع زيادى از مردم يثرب به قصد حج عازم مكّه شدند. در ميان اين جمعيت كه شمارشان به پانصد نفر مى‌‌رسيد، مشركان هم حضور داشتند و هم مسلمانانى كه تقيه مى‌‌كردند و از خوف قوم، مسلمانى خود را پوشيده مى‌داشتند. برخى از مسلمانان يثرب با پيامبر (ص) ملاقات كردند، و حضرت با آنان وعده گذاشت كه در ميانه‌‌هاى ايام تشريق، شب هنگام كه همه خوابيده باشند، با هم ديدار كنند. پيامبر (ص) فرمود كه موقع آمدن، خوابيدگان را بيدار نكنند و منتظر غايبان نباشند. آنان با كمال احتياط، پنهان و جدا از هم، رو به عقبه حركت كردند تا در آنجا هفتاد يا هفتاد و سه مرد، و دو زن فراهم گشتند. در این دیدار، رسول خدا (ص) فرمودند: «پيمان من با شما اين است كه بايد همانطور كه از زنان و فرزندان خود دفاع مى‌‌كنيد از من نيز دفاع كنيد!»، براء بن معرور دست آن حضرت را گرفته و گفت: «سوگند بدانكه تو را به نبوت مبعوث فرموده ما همانطور كه از ناموس خود دفاع مى‌كنيم از شما نيز دفاع خواهيم كرد، پيمانت را با ما ببند كه ما بخدا فرزند جنگ و اسلحه هستيم‌.»
تصمیم به قتل پیامبر (ص) و ماجرای لیلة المبیت
در فاصله‌ای کمتر از سه ماه پس از بیعت عقبه دوم، بیشتر اصحاب رسول خدا (ص) به سوی مدینه رهسپار شدند و مردان قریش که دانستند یثرب به صورت پایگاه و پناهگاهی برای رسول خدا و یاران او درآمده و مردم آن برای جنگیدن با دشمنان رسول خدا آماده‌اند، از هجرت رسول خدا(ص) بیمناک شدند. به همین جهت برای جلوگیری از آن، در آخر ماه صفر سال ۱۴ بعثت در دارالندوه جلسه‌ای برقرار کردند، سپس با هم مشورت کردند و تصمیم گرفتند که وی را به قتل برسانند و برای این کار جوانانی را از هر یک از طوایف انتخاب کنند که با شمشیر آن حضرت را بکشند.در شب پنجشنبه اوّل ماه ربیع، رسول خدا(ص) از مکه بیرون رفت و در همان شب علی(ع) در بستر رسول خدا خوابید و آن شب را لیلة المبیت گفتند. علت آن هم آگاهی پیامبر(ص) از نقشه مشرکان قریش برای ترور بود که برخی بیان می‌دارند که آیه «وَ إِذْ یمْکرُ بِک الَّذینَ کفَرُوا لِیثْبِتُوک أَوْ یقْتُلُوک أَوْ یخْرِجُوک وَ یمْکرُونَ وَ یمْکرُ اللَّهُ وَ اللَّهُ خَیرُ الْماکرینَ»، «هنگامی که کافران ضد تو حیله کنند تا تو را زندانی کنند یا بکشند یا تبعید نمایند آنان با خدا از در حیله وارد می‌شوند خداوند حیله می‌کند و خداوند بهترین حیله کنندگان است.»، را درباره همین خبردادن به پیامبر(ص) است.
مخفی شدن پیامبر (ص) در غار ثور
رسول خدا (ص) در شب اول ربیع الاول رهسپار غار ثور شد و ابوبکر بن ابوقحافه نیز با وی همراه گشت و پس از سه روز که در غار ثور ماندند، در شب چهارم ربیع الاول راه مدینه را در پیش گرفتند.حضرت علی(ع) پس از رفتن پیامبر(ص) به غار ثور صبر کرد تا شب آینده فرا رسید. او همراه هند بن ابی هاله حرکت کرد تا نزد رسول الله(ص) در غار رفتند و در آنجا آن حضرت (ص) به هند دستور داد که برای وی و همراهش دو شتر خریداری کند. ابوبکر گفت: «ای پیامبر خدا، برای خود و شما دو مرکب آماده کرده‌ام که با آن‌ها تا مدینه سفر می‌کنیم». رسول الله(ص) فرمود: «من هر دو و حتی یکی از آنها را قبول نمی‌کنم، مگر آن که بهای آنها را بپردازم»، و او به حضرت علی (ع) دستور داد که بهای شترها را بپردازد و سپس به او سفارش کرد که امانت‌ها را رد کند و تعهدات او را بپردازد.قریش پس از آنکه در نقشه خود ناکام ماندند، کوشیدند پیامبر(ص) را پیش از آن که به مدینه برسد بیابند و بکشند. از این رو، رد او را گرفتند تا به غار رسیدند. یکی از آنان گفت: از اینجا عبور نکرده‌اند یا این است که به آسمان عروج کرده‌اند و یا در زمین فرو رفته‌اند. بنابر برخی نقل‌ها، خداوند عنکبوتی را مأمور کرد تا با تارهای خود، درِ غار را ببندد. وقتی تعقیب‌کنندگان تارها را دیدند، به این نتیجه رسیدند که کسی وارد غار نشده است و بدین ترتیب دست از تعقیب کشیدند.
توقف در قبا و ساخت مسجد
پیامبر(ص) دوازدهم ماه ربیع الاول هنگام ظهر به یثرب رسید و در قبا توقف کرد و نماز خواند. در آنجا میهمان (بنی) عمرو بن عوف شد و کمی بیشتر از ده روز پیش آنان اقامت کرد. افراد این قبیله از پیامبر خواستند تا پیش آنان بماند و برایش خانه‌ای بسازند؛ اما او نپذیرفت و فرمود که منتظر رسیدن علی‌بن‌ابی‌طالب (ع) است و همانجا ماند تا علی بن ابی‌طالب رسید.
مورّخان و محدّثان را عقيده بر اين است كه رسول اكرم (ص) پس از استقبال با شكوه و به ياد ماندنى مسلمانان به قباء آمد و در قبيله بنى عمرو بن عوف بر كلثوم بن هدم وارد شد. در آن روز ابو بكر پافشارى مى‌كرد تا وارد مدينه شوند، امّا رسول خدا (ص) او را رد كرد و فرمود: «از آنجا نخواهد رفت تا پسر عمو، برادر و محبوب‌ترين خانواده‌اش و كسى كه جان خود را فداى او كرد، بيايد.»، رسول اكرم (ص) در مدتى كه در قباء بود، مسجد معروف قباء را بنا نهاد.به نظر مى ‌رسد كه صاحب اين انديشه و بنيان‌گذار نخست اين مسجد، عمّار بن ياسر باشد. اين مسجد همان مسجدى است كه اين آيه مباركه در شأن آن نازل شد: «لَمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوى‌ مِنْ أَوَّلِ يَوْمٍ أَحَقُّ أَنْ تَقُومَ فِيهِ»، مسجدى كه از روز نخستين بر پايه تقوا بنا شده، سزاوارتر است كه در آن (به نماز) ايستى.
هجرت پیامبر (ص) به عنوان مبدأ تاریخ
پس از شکل گیری جامعه و دولت اسلامی، اهمیت هجرت در اندیشه قرآنی و نقش آن در ایجاد یک تحول عمده در توسعه و گسترش اسلام سبب شد تا این واقعه مهم مبدا تاریخ اسلام قرار گیرد؛ در مورد اینکه دقیقا از چه زمانی هجرت به عنوان مبدا تاریخ اسلام تعیین شده اختلاف نظر وجود دارد.گروهی قائل‌اند که در حدود سال هفدهم هجرت، بنا به دلائل مختلف خلیفه دوم تصمیم گرفت تا مبدائی برای تاریخ اسلام قرار دهد. وقتی این موضوع در میان افراد مختلف مطرح شد، هر یک پیشنهادی دادند، عده‌ای تولد پیامبر (ص)، گروهی بعثت و گروهی دیگر وفات آن حضرت را به عنوان مبدا تاریخ پیشنهاد دادند، در این میان، امیرالمؤمنین (ع) پیشنهاد هجرت به مدینه فرمود و همین نظر مورد پذیرش قرار گفت.گروه دوم بر این باورند که پیامبر (ص) هنگام ورود به مدینه دستور به کتابت تاریخ داد، و نامه‌هایی از پیامبر (ص) موجود است که  به دستور پیامبر (ص) تاریخ هجری ثبت شده‌است.
آیات هجرت
درباره هجرت به مدینه و ماجراهای آن، آیاتی نازل شده است؛ از جمله:
1- «وَ إِذْ یمْکرُ بِک الَّذینَ کفَرُوا لِیثْبِتُوک أَوْ یقْتُلُوک أَوْ یخْرِجُوک وَ یمْکرُونَ وَ یمْکرُ اللَّهُ وَ اللَّهُ خَیرُ الْماکرین»، «هنگامی را که کافران نقشه می‌کشیدند که تو را به زندان بیفکنند، یا به قتل برسانند، و یا (از مکه) خارج سازند. آنها چاره می‌اندیشیدند و خداوند نیز تدبیر می‌کرد و خدا بهترین چاره‌جویان و تدبیرکنندگان است.» (انفال–۳۰)
2- «وَ مِنَ النَّاسِ مَنْ یشْری نَفْسَهُ ابْتِغاءَ مَرْضاتِ اللَّهِ وَ اللَّهُ رَؤُفٌ بِالْعِبادِ»، «بعضی از مردم جان خود را به خاطر خشنودی خدا می‌فروشند، و خدا نسبت به بندگان مهربان است.» (بقره–۲۰۷)
3- «إِلاَّ تَنْصُرُوهُ فَقَدْ نَصَرَهُ اللَّهُ إِذْ أَخْرَجَهُ الَّذینَ کفَرُوا ثانِی اثْنَینِ إِذْ هُما فِی الْغارِ إِذْ یقُولُ لِصاحِبِهِ لا تَحْزَنْ إِنَّ اللَّهَ مَعَنا فَأَنْزَلَ اللَّهُ سَکینَتَهُ عَلَیهِ وَ أَیدَهُ بِجُنُودٍ لَمْ تَرَوْها وَ جَعَلَ کلِمَةَ الَّذینَ کفَرُوا السُّفْلی وَ کلِمَةُ اللَّهِ هِی الْعُلْیا وَ اللَّهُ عَزیزٌ حَکیمٌ»، «اگر او را یاری نکنید، خداوند او را یاری کرد، آن هنگام که کافران او را (از مکه) بیرون کردند، در حالی که دومین نفر بود، در آن هنگام که آن دو در غار بودند، و او به همراه خود میگفت: غم مخور، خدا با ماست. در این موقع، خداوند سکینه خود را بر او فرستاد و با لشکرهایی که مشاهده نمی‌کردید، او را تقویت کرد و گفتار کافران را پایین قرار داد و سخن خدا بالا است و خدا عزیز و حکیم است.» (توبه–۴۰)