حسن بن علی در ۲۱ رمضان سال ۴۰ قمری، و پس از شهادت امام علی(ع)، به امامت رسید و در همان روز، بیش از چهل هزار نفر با او برای خلافت بیعت کردند. معاویه، خلافت او را نپذیرفت و با لشکری از شام به سوی عراق حرکت کرد. امام مجتبی(ع) سپاهی به فرماندهی عبید الله بن عباس به سمت معاویه فرستاد و خود به همراه یک گروه دیگر به ساباط رفت. معاویه تلاش کرد با طرح شایعاتی میان سپاهیان امام حسن(ع)، زمینه را برای برقراری صلح فراهم کند. در این شرایط، امام حسن(ع) مورد سوءقصد یکی از خوارج قرار گرفت و زخمی شد و برای مداوا به مدائن انتقال یافت. همزمان، گروهی از سران کوفه به معاویه نامه نوشتند و قول دادند حسن بن علی را به وی تسلیم کنند یا به قتل برسانند. معاویه نیز نامه‌های کوفیان را برای حسن بن علی(ع) فرستاد و به او پیشنهاد صلح داد. امام مجتبی(ع) صلح و واگذاری خلافت به معاویه را پذیرفت به این شرط که معاویه بر اساس کتاب خدا و سنت پیامبر(ص) عمل نماید و برای خود جانشین تعیین نکند و همه مردم از جمله شیعیان علی(ع) در امنیت باشند. بعدها معاویه به هیچ‌یک از این شرط‌ها عمل نکرد. صلح با معاویه، نارضایتی شماری از یاران امام حسن(ع) را در پی داشت و حتی برخی، او را «مذلّ المؤمنین» (خوار کننده مومنان) خواندند.او پس از ماجرای صلح در سال ۴۱ قمری، به مدینه بازگشت و تا پایان عمر در آنجا ماند. او در مدینه مرجعیت علمی را بر عهده داشت و بنابر برخی گزارش‌ها از جایگاه اجتماعی بالایی برخوردار بود.وقتی معاویه تصمیم گرفت برای ولایتعهدی پسرش یزید بیعت بگیرد، صد هزار درهم برای جعده (همسر امام حسن(ع)) فرستاد تا امام را مسموم کند. گفته‌اند حسن بن علی(ع) ۴۰ روز پس از مسموم شدن به شهادت رسید. بنابر نقلی، او وصیت کرده بود کنار قبر پیامبر(ص) دفن شود ولی مروان بن حکم و عده‌ای از بنی امیه مانع این کار شدند. پیکر او در قبرستان بقیع به خاک سپرده شد.حسن بن علی بن ابی‌طالب نخستین فرزند امام علی(ع) و فاطمه زهرا(س) و نخستین نوه پیامبر اسلام(ص) است. نسب او به بنی‌هاشم و قریش می‌رسد.
امامت
حسن بن علی دومین امام شیعیان است. او بعد از شهادت امام علی (ع) در ۲۱ رمضان سال ۴۰ قمری، به امامت رسید و به مدت ۱۰ سال این مقام را بر عهده داشت. شیخ کلینی (درگذشته ۳۲۹ق) در کتاب کافی مجموعه روایات مربوط به نصب حسن بن علی به امامت را گردآوری کرده است. بر اساس یکی از این روایات، امام علی(ع) پیش از شهادت و در حضور فرزندان خود و بزرگان شیعه، کتاب و سلاح (از ودایع امامت) را به فرزندش حسن داد و اعلام کرد که پیامبر به او فرمان داده که حسن را وصیّ خود قرار دهد. بنابر روایتی دیگر، امام علی(ع) هنگام حرکت به سوی کوفه برخی از ودایع امامت را نزد ام سلمه امانت گذاشت و امام حسن(ع) پس از بازگشت از کوفه، آنها را از وی تحویل گرفت. شیخ مفید (درگذشته ۴۱۳ق) نیز در کتاب ارشاد گفته است حسن(ع) وصیّ پدرش در میان فرزندان و اصحاب وی بوده است. همچنین برای امامت حسن بن علی(ع)، به روایاتی از پیامبر(ص) همچون «اِبنای هذانِ امامان قاما او قَعَدا (ترجمه: این دو پسرم، امام هستند خواه قیام کنند یا نکنند) » و نیز حدیث دوازده خلیفه استدلال شده است. امام حسن(ع) در چند ماه اولیه دوران امامت، ساکن کوفه و عهده‌دار منصب خلافت بود.
سکونت در کوفه، خلافت امام علی(ع)
امام مجتبی در دوره پنج ساله خلافت امیرالمومنین(ع) در همه مراحل در کنار پدر حضور داشت بنابر نقل کتاب الاختصاص حسن بن علی(ع) پس از بیعت مردم با امام علی، به درخواست پدر بر منبر رفت و برای مردم سخن گفت. از گزارش وقعة صفین در مورد نخستین روزهای ورود امام علی(ع) به کوفه برمی‌آید که حسن بن علی نیز همراه پدر، در کوفه اقامت گزیده است.
دوران کوتاه خلافت
امام مجتبی(ع) از ۲۱ رمضان سال ۴۰قبه مدت ۶ الی ۸ ماه خلیفه مسلمانان بود. اهل سنت او را با توجه به حدیثی منسوب به پیامبر(ص)، آخرین خلیفه از خلفای راشدین دانسته‌اند. خلافت او با بیعت مردم عراق و همراهی سایر سرزمین‌های اطراف آغاز شد
شهادت و ماجرای تشییع
در بسیاری از منابع شیعه و اهل سنت آمده است که امام حسن(ع) با خوراندن زهر به شهادت رسید. طبق برخی گزارش‌ها، او را چند بار مسموم کرده بودند، اما از مرگ نجات یافته بود. در مورد مسمومیت آخر که به شهادت وی انجامید، شیخ مفید گفته است معاویه وقتی تصمیم گرفت برای ولایتعهدی پسرش یزید بیعت بگیرد، صد هزار درهم برای جعده دختر اشعث بن قیس (همسر امام حسن(ع)) فرستاد و به او وعده داد که در قبال مسموم کردن شوهرش، او را به ازدواج یزید درخواهد آورد. نام جعده به عنوان قاتل حسن بن علی(ع) در منابع اهل سنت نیز آمده است. مادلونگ معتقد است مسئله جانشینی معاویه و تلاش او برای ولایتعهدی یزید، روایات مسموم شدن امام حسن به تحریک معاویه و به دست جعده را تایید می‌کند. گزارش‌های دیگری، هند (یکی از همسران امام حسن(ع)) یا یکی از خادمان اورا عامل مسموم کردن او دانسته‌اند. گفته‌اند حسن بن علی(ع) ۳ روز یا ۴۰ روز یا دو ماه پس از مسموم شدن درگذشت.نقل شده است پس از شهادت امام مجتبی(ع)، شهر مدینه یکپارچه شیون و گریه شد. نیز گفته‌اند هنگام خاکسپاری، قبرستان بقیع پر از جمعیت شد و تا هفت روز بازارها تعطیل بود. از برخی منابع اهل سنت نقل شده است که نخستین خواری برای عرب، درگذشت حسن بن علی(ع) بود.