صفی‌الدین در ۶۵۰ هجری قمری در کلخوران پا به دنیا گذاشت. پدر و نیاکانش او در قریه کلخوران اردبیل زراعت داشتند و پیشینیان شان از قریه رنگین گیلان به اسفرنجان در حدود اردبیل آمده بودند. پدر او امین‌الدین جبرئیل نام داشت و می‌گویند با وجود مکنتی که از راه کشاورزی به هم رسانیده بود، علاقه به عزلت و گوشه‌نشینی داشت و از معاشرت با خلق می‌پرهیخت. صفی‌الدین در عین اشتغال به مقدمات علوم رسمی، تمایلی به پارسایی و ریاضت یافت و به روزه‌داری و شب‌زنده‌داری روی آورد. گاه اوقاتش را در مقابر اولیا به سر می‌برد و گاه رؤیاها و مکاشفات صوفیانه می‌دید و گاه به کوه سبلان برای آنچه آن را «ملاقات مردان خدا» می‌خواند، می‌رفت و در آن حال، از آب و خاک آن کوه چیزی به تبرک همراه می‌آورد. این که از علوم رسمی چه اندازه بهره داشت، معلوم نیست، اما از اقوال و احوالش، آشنایی کافی با علوم شرعی پیدا است. به هر حال چنان که از قول مؤلف عالم‌آرای عباسی برمی‌آید، «مدتی به اکتساب فضایل و کمالات صوری پرداخت» و این کمالات او لامحاله، آن اندازه بود که قرآن را ازبرکرد، در فرایض و سنن وقوف تمام یافت، چنان که از لغات عربی و پارسی و ترکی و مغولی هم بهره‌مند گشت و به قول مؤلف روضات الجنان از اشعار و نکات و لطایف نیز محتظی شد.صفی‌الدین بیست ساله بود که به سفارش یکی از زاهدان، بار سفر بست تا به شیراز برود و به خدمت نجیب الدین بزغوش شیرازی، از صوفیان بزرگ آن دوران برسد. با اسباب و وسایل آن زمان، سفر از اردبیل به شیراز، دشوار و طولانی بود. اندکی بیش از دو ماه بعد به شیراز رسید. اما صفی‌الدین زمانی به شیراز رسیده بود که نجیب‌الدین درگذشته بود. چند سالی را در شیراز و شهرهای پیرامون ش به دیدار مشایخ صوفی رفت تا شاید شیخی لایق بیعت بیابد. گویا در همین سال‌ها بود که در شیراز با سعدی نیز دیدار کرد. شاعر پیر، صوفی جوان را با آغوش باز پذیرفت و حتی نسخه‌ای از دیوان ش را نیز به او اهدا کرد؛ دیداری که البته به ارادتی نینجامید. سفر شیراز، اما به کلی بی‌حاصل هم نبود. صفی‌الدین، در شیراز، نام و آوازه تاج‌الدین ابراهیم گیلانی مشهور به زاهد گیلانی را شنید. سفر دراز دیگری را این بار از جنوب به شمال، از فارس به گیلان در پیش گرفت. در سفری دراز که برای صفی‌الدین همراه با سختی و بیماری بود، سرانجام پس از جستجوی بسیار، زاهد را در دهکده‌ای در ساحل دریای خزر یافت. هنگامی که صفی‌الدین در ۶۷۵ هجری قمری به گیلان رسید، بیست‌وپنج ساله بود و زاهد، اندکی بیش از شصت سال داشت. از این زمان تا بیست‌وپنج سال بعد، صفی‌الدین، مرید و مقیم خانقاه زاهد بود. ترقی صفی‌الدین در دستگاه شیخ زاهد، بسیار سریع بود. شیخ زاهد با بالا رفتن سن، بیش از پیش به صفی‌الدین وابسته می‌شد. در سال‌های پایان عمر و با از دست دادن بینایی، در عمل صفی‌الدین بود که امور خانقاه را می‌گرداند و از سوی زاهد با مریدان و بازدیدکنندگان دیدار می‌کرد.

طریقت زاهدیه
روابط این دو در این سال‌ها با دو ازدواج متقابل استوارتر نیز شد. صفی‌الدین با فاطمه، دختر زاهد، ازدواج کرد و دختر خودش، از همسر نخستش، را به ازدواج شمس‌الدین، فرزند زاهد، درآورد. چندی بعد زاهد، صفی‌الدین را به جانشینی خودش برگزید و خطوطی از آینده برایش ترسیم کرد: «برای من کناره‌جویی و عبادت ممکن بود، اما برای تو نه. خداوند تو را برای امری بزرگ در نظر گرفته‌است. باید که تربیت مریدان را جدی‌تر از هر زمان برعهده‌گیری و بر تعداد آن‌ها بیفزایی.»پس از درگذشت زاهد گیلانی صفی‌الدین، اینک رهبر طریقت زاهدیه و وارث تمام میراث مادی و معنوی زاهد شد و صفی خوانده می‌شد. زاهد گیلانی، میراثی عظیم در اختیار صفی نهاد. رهبری طریقتی صوفیانه با انبوهی مرید، ثروتی هنگفت که از محل موقوفات و نذورات و هدایا حاصل شده بود و از همه مهم‌تر روابطی نزدیک با کارگزاران حکومت ایلخانان مغول. می‌توان گفت که ایلخانان مغول در میان جلوه‌های گوناگون فرهنگ ایران، بیش‌تر از هر چیز به تصوف ایرانی علاقه داشتند و مشایخ صوفی را بسیار ارج می‌نهادند. این علاقه نه تنها در میان ایلخانان که در بین دولتمردان ایشان نیز رواج داشت.صفی‌الدین چندین سال بود که عملاً نیز از طرف زاهد با مریدان و نمایندگان او در شهرهای مختلف در ارتباط بود، بنا بر این رهبری او بر طریقت، از سوی مریدان، مورد معارضه جدی واقع نشد. اگرچه پسر ارشد زاهد، جمال الدین، از این انتخاب خشنود نبود و در سال‌های اولیه رهبری صفی علیه او تحریکاتی نیز کرد، اما در مجموع شخصیت و قدرت صفی آن اندازه بود که اساس رهبری ش تزلزلی نیابد.

طریقت صفویه
چندی بعد و با استحکام موقعیت، صفی‌الدین، پس از سال‌ها دوری به زادگاه خود بازگشت. اردبیل، مانند زمانی که آن جا را ترک کرده بود، هنوز شهری کوچک و دورافتاده از مسیرهای اصلی بود. از این زمان، اردبیل، جای گیلان را در طریقت زاهدیه گرفت و مرکز طریقت به آنجا منتقل شد.اگرچه صفی‌الدین نسبت به شهر نیاکان ش، که دوران کودکی و نوجوانی اش را در آن گذرانده بود، دلبستگی داشت، اما بازگشت به اردبیل، در حقیقت اهداف بسیار بزرگ‌تری را دنبال می‌کرد. اردبیل، شهری کوچک بود که حساسیت کسی را نمی‌انگیخت، از آن گذشته دسترسی به آن نیز آسان نبود. اردبیل با کوه‌ها، جنگل‌ها و باتلاق‌های غیرقابل نفوذی محاصره شده بود که چونان دژی محافظ برای شهر عمل می‌کردند.گام بعدی صفی‌الدین از گام نخست نیز مهم‌تر بود. چند سالی بعد، صفی‌الدین فرزند ش صدرالدین موسی را به عنوان جانشین و رهبر پس از خود برگزید. انتخابی نامعمول در طریقت که ملاک تعیین رهبر را به انتقال رهبری از پدر به پسر ارشد تغییر می‌داد. بدین ترتیب صفی‌الدین، رهبری طریقت را در خاندانش موروثی کرد. از این زمان بود که طریقت زاهدیه، به نام صفی «طریقت صفویه» نامیده شد.صفی در آغاز بازگشت به اردبیل، تنها مزرعه ای کوچک داشت که میراث پدرش بود، اما میراث زاهد، صفی را در موقعیت مساعدی برای گسترش طریقت خود و افزودن بر گستره نفوذ خود قرار داد. اندک اندک، با افزایش شمار پیروان، املاک فراوانی نیز وقف خانقاه او شد، تا آنجا که در زمان وفات املاک او به بیش از بیست روستا می‌رسید. در کنار همه این‌ها، صوفی دوستی ایلخانان مغول و کارگزاران آن‌ها، پشتیبانی عناصری در حاکمیت را نیز برایش به ارمغان آورد. میزان نفوذ او بر دولتمردان و پادشاهان آن اندازه بود که ابوسعید بهادرخان، ایلخان مغول، بارها برای عرض ارادت به دیدار او رفت.صفی درآمدهای سرشار و روزافزون خود را در دستگیری و رفع نیاز فقرا، صوفیان و پیروان و البته گسترش شبکه‌های تبلیغی طریقت صفویه در گوشه و کنار ایران ایلخانی، هزینه می‌کرد. در کنار این، صفی سخت به عمران و آبادانی و بالابردن سطح رفاه عمومی علاقه‌مند بود. ساخت بناهای عام‌المنفعه همچون مسجد، حمام و امثال آن نشانی روشن بر این علاقه بود. مهم‌ترین نتیجه چنین رویکردی افزایش شمار پیروان و دوستداران خاندان صفوی بود. تعداد این مریدان و دوستداران در اواخر حیات صفی‌الدین، آن اندازه بود که در گفتگویی با امیر چوپان، امیرالامرای ایلخانی، به صراحت گفته بود که شمار مریدان من از شمار لشکریان مغول بیشتر است و امیر چوپان در تأیید این سخن اشاره کرده بود که من از جیحون تا مرزهای مصر و از هرمز تا باب‌الابواب سفر کرده‌ام و انبوه مریدان را همه جا دیده‌ام!او در زمان خویش مورد بزرگداشت مردم بود و مردم آن سامان او را به نام پیر و رهنما پذیرا بودند. از او دیوانی به زبان آذری در دست است. صفی هم‌زمان با الجایتو ایلخان مغول می‌زیست و سلطان محمد الجاتیو (معروف به خدابنده) با وی با حرمت تمام سلوک می‌کرد. می‌گویند این ایلخان مغول، وقتی بنای شهر سلطانیه خویش را تمام کرد، در ضمنِ سایر مراسم و تشریفات، مشایخ و علماء عصر را هم در آنجا به مهمانی خواند. چون طعام پیش آوردند، صفی‌الدین اردبیلی و علاءالدوله سمنانی در دو جانب سلطان نشسته بودند. صفی‌الدین غذایی نخورد، اما علاءالدوله ابایی نکرد. سلطان پرسید که اگر طعام ما حرام بود؛ علاءالدوله چرا خورد؟ صفی‌الدین جواب داد علاءالدوله دریاست؛ دریا را هیچ چیز نمی‌آلاید. علاءالدوله هم گفت: صفی شاهبازست، به هر طعمه‌ای میل نمی‌کند. این روایت که در آثار صوفیه تا حدی به تواتر نقل شده‌است، حرمت را در نزد بزرگان عصر خویش نشان می‌دهد.صفی‌الدین به سبب کثرت ریاضت و مخصوصاً به جهت افراط در روزه و اجتناب از حیوانی، در اواخر عمر تدریجاً ضعیف و مکرر بیمار شد. در پایان عمر تقریباً به کلی از غذا افتاده بود و جز غذاهای ساده غیر حیوانی و آب قند، چیزی از گلویش پائین نمی‌رفت. با اینحال، تا ممکن بود در ادای وظایف شرعی اهتمام داشت. به علاوه خانقاه او محل اطعام فقرا و پناه ضعفا و مسکینان بود و همین نکته دستگاه او و اخلافش را همچنان محل محتاجان و درویشان می‌داشت. در مرض موت هم، «محافظت سفره و خدمت ضعفا» را با تأکید تمام، سفارش می‌کرد. در آخرین روزهای بیماری، در اثر ضعف شدید، تقریباً از سخن گفتن هم بازماند. فقط آهسته قرآن می‌خواند و آخرین سخنش این بود: «صلو علیه و سلموا تسلیماً». روز دوشنبه دوازهم محرم سنه ۷۳۵ قمری، بعد از نماز صبح، در سن هشتاد و پنج سالگی وفات یافت و روز بعد به وقت نماز ظهر، در زاویه عبادت خانقاه خویش دفن شد. هنگام وفات وی، پسرش صدرالدین موسی، در مسافرت بود و زن هم که در ایام بیماری از مراقبت می‌کرد، چند هفته بعد از شوهر وفات یافت. بیشتر مورخان، اجداد وی را سنی شافعی مذهب و از بنی هاشم مهاجر از حجاز به کردستان ایران دانسته‌اند عبدالحسین زرین‌کوب محقق و مورخ فقید هم، در کتاب مشهورش «جستجو در تصوف ایران» با استناد به منابع تاریخی متعدد و گوناگون، وی را سنی مذهب می‌داند. زرین‌کوب می‌نویسد:مذهب خود او (صفی الدین) تسنن و شافعی مذهب بود و با آنکه بعضی اقوال و اشعار منقول ازو، از اتکا بر محبت و مهر علی حاکی است، این محبت علی با تسنن وی که در تاریخ‌ها از جمله حتی در «احسن التواریخ» بدان اشارت هست، مغایرت ندارد. در مکتوبی هم که عبیدالله خان ازبک به شاه طهماسب صفوی (سال ۹۳۶ هجری) می‌نویسد، گفته می‌شود که «پدر کلان شما، جناب مرحوم صفی مردی عزیز اهل سنت و جماعت بوده‌است»زرین‌کوب در جای دیگری از این کتاب می‌نویسد:

در هر حال سیادت صفی ظاهراً محل انکار نیست، اما تشیع او محل تردیدست؛ بلکه تسنن او که از مقالات و سخنان خودش بر می‌آید، امری است که وجود نام ابوبکر و عمر در انساب خاندانش نیز آنرا تأیید می‌کند و بعیدست که آن را بتوان حمل بر کتمان و تقیه کرد. با اینهمه تسنن صفی و اخلاف و اجداد او، از اظهار محبت و تکریم فوق‌العاده در حق اهل بیت رسول خالی نبود و سیادت خود وی و مبالغه‌اش در تعظیم و تکریم آل پیغمبر، هیچ‌یک با تسنن وی منافات نداشت.احمد کسروی نیز سید بودن او را با آوردن چندین دلیل رد کرده‌است. در هشتصد و بیست و پنجمین جلسه شورای عالی انقلاب فرهنگی که به ریاست روحانی برگزار شد روز ۴ مرداد به نام روز بزرگداشت شیخ صفی‌الدین اردبیلی سالروز استقرار سلسله صفویه در ایران و نقش این سلسله در گسترش مذهب تشیع و تشکیل ایران یکپارچه بود به نام روز بزرگداشت شیخ صفی‌الدین اردبیلی تعیین و ثبت آن در تقویم رسمی کشور تصویب شد. همزمان با این روز هفته استان اردبیل نیز در تهران و استان اردبیل برگزار می‌شود.