هر یک از دو طرف با افراد خود به محل مباهله رفتند. هنگامیکه مسیحیان آگاه شدند محمد قصد دارد با عزیزترین نزدیکان خود یعنی علی، فاطمه، حسن و حسین آن‌ها را به چالش بکشد مطمئن شدند که اگر محمد به خودش مطمئن نبود جان خانواده‌اش را به خطر نمی‌انداخت. پس از مباهله کناره گرفتند.از ام سلمه نقل کرده‌اند که در همان روز رسول خدا آن چهار تن همراهان خود را در زیر عبای موئی و مشکین رنگ خود گردآورد و این آیه را تلاوت نمود:

«إِنَّما یُرِیدُ اللَّهُ لِیُذْهِبَ عَنْکُمُ الرِّجْسَ أَهْلَ الْبَیْتِ وَ یُطَهِّرَکُمْ تَطْهِیراً»این رویداد از سوی مسلمانان به عنوان یکی از برجستگی‌های اهل بیت محسوب شده و به عنوان دلیلی برای اثبات این امر که اصحاب کسا محمد، علی، فاطمه، حسن و حسین می‌باشند، استفاده می‌شود. جارالله زمخشری از دانشمندان بزرگ معتزلة، در کتاب تفسیر کشاف به فضیلت اصحاب کسا (کسانی که در روز مباهله همراه پیامبر بودند) اشاره کرده‌است. فَمَنْ حَاجَّکَ فِیهِ مِنْ بَعْدِ مَا جَاءَکَ مِنَ الْعِلْمِ فَقُلْ تَعَالَوْا نَدْعُ أَبْنَاءَنَا وَأَبْنَاءَکُمْ وَنِسَاءَنَا وَنِسَاءَکُمْ وَأَنْفُسَنَا وَأَنْفُسَکُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَنَجْعَلْ لَعْنَتَ اللَّهِ عَلَی الْکَاذِبِینَ(۶۱)«ﭘﺲ ﻛﺴﻰ ﻛﻪ ﻣﺠﺎﺩﻟﻪ ﻛﻨﺪ ﺩﺭ ﺁﻥ ﭘﺲ ﺍﺯ ﺁﻧﭽﻪ ﺁﻣﺪ تو را ﺍﺯ ﺩﺍﻧﺶ، ﭘﺲ ﺑﮕﻮ ﺑﻴﺎﺋﻴﺪ ﺑﺨﻮﺍﻧﻴﻢ ﭘﺴﺮﺍﻧﻤﺎﻥ ﺭﺍ ﻭ ﭘﺴﺮﺍﻧﺘﺎﻥ ﺭﺍ ﻭ ﺯﻧﺎﻧﻤﺎﻥ ﺭﺍ ﻭ ﺯﻧﺎﻧﺘﺎﻥ ﺭﺍ ﻭ نفسهایمان ﺭﺍ ﻭ ﻧﻔﺴﻬﺎیتان ﺭﺍ، سپس نفرین ﻧﻤﺎﺋﻴﻢ، ﭘﺲ ﺑﮕﺮﺩﺍﻧﻴﻢ ﻟﻌﻨﺖ ﺧﺪﺍ ﺭﺍ ﺑﺮ ﺩﺭﻭﻏﮕﻮﻳﺎﻥ». (سورهٔ آل‌عمران-آیهٔ ۶۱)رسول خدا در مقام امتثال این فرمان از «انفسنا» به غیر از علی و از «نسائنا» به جز فاطمه و از «ابنائنا» بجز حسن و حسین را نیاورد. آشکار می‌شود برای کلمه اول به جز علی و برای کلمه دوم به جز فاطمه و از سوم به جز حسن و حسین مصداق نیافت و انگار منظور از «ابناء» و «نساء» و «انفس» همان اهل بیت رسول خدا بوده. هم‌چنان‌که در بعضی روایات به این معنا تصریح شده، پس از آن که رسول خدا نام همراهان را با خود آورد؛ گفت: «پروردگارا اینان‌اند اهل بیت من»، چون این عبارت می‌فهماند پروردگارا من به جز این‌ها کسی را نیافتم تا برای مباهله دعوت کنم.»هنگامی که آیه مباهله نازل شد، پیامبر اسلام علی بن ابی طالب و فاطمه و حسن و حسین را به حضور طلبید و گفت اللهم هولاء اهلی (بار پروردگارا! اینان اهل بیت من هستند).شیعه همچنین یکی از دلایل برتری و امتیاز علی برای جانشینی پیامبر اسلام را این ماجرا می‌داند.مباهله در اصل از «بَهل» به معنی رها کردن و برداشتن قید و بند از چیزی است. اما مباهله به معنای لعنت کردن یکدیگر و نفرین کردن است. سنت مباهله از دیرباز در میان برخی جوامع بشری و به ویژه اقوام سامی متداول بوده‌است. مباهله بر پایه این باور استوار است که در موارد نومیدی از اثبات حقیقت به طریق طبیعی، به عالم غیب روی آورده و درخواست کشف حقیقت از جانب خداوند می‌شود؛ از نمونه‌های دیگر می‌توان به سوگند پاکدامنی در بین بابلیان اشاره کرد که در موارد اتهام زنان به انجام عمل خلاف عفت برگزار می‌شد یا رد شدن متهم از آتش هوله که در صورت بی گناهی گزندی به او وارد نمی‌شد و نیز برخی آزمایشهای مشابه دیگر که برای اثبات بی گناهی در بین بومیان عرب مرسوم بوده‌است. در کتاب مقدس نیز مواردی از مباهله گزارش شده‌است. رقابت هابیل و قابیل نمونه ای از مباهله است که دو هدیه به پیشگاه خداوند تقدیم می‌دارند و خداوند یکی از آنها را برمی‌گزیندو به نشانه قبولی آتشی از آسمان بر هدیه فرد بر حق نازل می‌کند. مباهله، در معنای اصطلاحی آن به معنای درخواست نزول لعن و عذاب بر مخالف پس از بی‌حاصل ماندن بحث و مناظره است و تنها به مواردی اختصاص دارد که دو طرف برای اثبات موضوعی غالب دینی و مذهبی، در مقابل یکدیگر قرار گرفته و از خداوند درخواست لعن و نفرین و نزول عذاب بر طرف دروغگو می‌کنند.مباهله اختصاص به زمان پیامبر ندارد و در تمامی زمان‌ها قابل اجرا است. در روایتی از جعفر صادق نقل شده: اگر سخنان حق شما را مخالفان نپذیرفتند، آن‌ها را به مباهله دعوت کنید. بخش نجران، با هفتاد دهکده تابع خود، در نقطه مرزی حجاز و یمن قرار گرفته‌است. در آغاز پیدایش اسلام این نقطه، تنها نقطه مسیحی‌نشین حجاز بود که مردم آن، از بت‌پرستی دست کشیده و به آیین مسیح گرویده بودند.با توجه به اینکه نجران تنها منطقهٔ مسیحی نشین در حجاز بوده ابن هشام در سیره نبوی دلیل آن را دو داستان مشابه می‌داند.نامه محمد به اسقف نجران:پیامبر اسلام در ادامه نامه نگاری‌های خود به کشورها و قبایل همسایه نامه ای به مسیحیان نجران فرستاد. نامه محمد به اسقف نجران چنین بود: «به نام خدای ابراهیم و اسحاق و یعقوب. از محمد، پیامبر خدا، به اسقف نجران. خدای ابراهیم و اسحاق و یعقوب را ستایش می‌کنم و شما را از پرستش بندگان به پرستش خدا فرا می‌خوانم. شما را دعوت می‌کنم که از ولایت بندگان خدا بیرون شوید و در ولایت خداوند درآیید و اگر دعوت مرا نپذیرفتید باید به حکومت اسلامی جزیه (مالیاتی که از اهل کتاب گرفته میشود) بدهید وگرنه به شما اعلام خطر می‌شود»بزرگان مسیحی نجران بعد از دریافت نامه به مشورت باهم پرداختند و چون به نتیجه نرسیدند تصمیم گرفتند با محمد دیدار کنند.
بحث بین مسیحیان و پیامبر
مسیحیان دربارهٔ عیسی که اساسی‌ترین مسئله شان بود با محمد بحث کردند.مسیحیان نجران می‌گفتند: عیسی خداست و گروهی او را پسر خدا می‌دانستند و دسته سوم، قائل به تثلیث «یعنی به سه خدا قائل بودند؛ پدر، پسر، روح القدس»ابن هشام در تفسیر خود می‌نویسد مسیحیان به پیامبر گفتند اگر عیسی پسر خدا نیست پس پدرش کیست؟. .. آیات قرآنی نازل شد و خلقت او را همانند خلقت آدم ابوالبشر معرفی کرد.مجادله و بحث بین مسیحیان نجران و پیامبر اسلام ادامه یافت. پیامبر اسلام ادله و براهینی برای پاسخ به مسیحیان آورد و اما آنان هم چنان بر عقاید خویش اصرار می‌ورزیدند. در منابع شیعه آمده‌است در این هنگام آیه ۶۱ سوره آل عمران نازل شد و مسیحیان نجران به مباهله دعوت شدند.
زمان و مکان مباهله
مباهله، در ماه ذی الحجّه و محل آن در روزگار پیامبر اسلام در بیرون شهر مدینه بوده که اکنون داخل شهر قرار گرفته و در آن محل، مسجدی به نام «مسجد الإجابة» ساخته شده‌است. فاصلهٔ این مسجد تا «مسجد النّبی» تقریباً دو کیلومتر است.
مهلت خواستن مسیحیان از پیامبر اسلام
هنگامی که نمایندگان مسیحیان نجران، پیشنهاد مباهله را از پیامبر شنیدند مهلت خواستند تا در این باره فکر و اندیشه و مشورت کنند. وقتی به بزرگان خود مراجعه کردند، اسقف آنان گفت: فردا بنگرید اگر محمد با اهل و فرزند خود آمد، از مباهله بپرهیزید و اگر با اصحاب خویش آمد، پس مباهله کنید که کاری از او ساخته نیست.
همراهان پیامبر در مباهله و نتیجه
براساس توافق پیشین، محمد و نمایندگان نجران برای مباهله به محل قرار رفتند. نمایندگان نجران دیدند که محمد نوه‌اش حسین را در آغوش دارد، دست حسن را در دست گرفته و علی و فاطمه همراه اویند و به آن‌ها سفارش می‌کند هرگاه من دعا کردم شما آمین بگویید. مسیحیان، هنگامی که این صحنه را دیدند در میان خودشان هم‌اندیشی کرده از این که پیامبر، عزیزترین و نزدیک‌ترین کسانِ خود را به میدان مباهله آورده بود، دریافتند که او نسبت به ادعای خود ایمان راسخ دارد؛ وگرنه عزیزان خود را در برابر خطر آسمانی قرار نمی‌داد؛ بنابراین از اقدام به مباهله خودداری کردند و حاضر به مصالحه شدند و قبول کردند که جزیه بپردازند. لویی ماسینیون به این نکته اشاره کرده‌است که اختلاف بسیاری میان شیعه و سنی در مورد ارتباط آیه قرآنی در مورد مباهله و تفسیر آن وجود دارد. بر اساس گفتار وی، یکی از این اختلافات راجع به حضور پنج تن آل عبا در این واقعه است. وی به عقیده شیعیان اشاره می‌کند که معتقدند فاطمه هنگامی که محمد عبا یا کسای سیاه خود را انداخت در پشت سر وی قرار داشت. برخی از فرق نیز معتقدند که مقصود پیامبر از اهل بیتش، امری کاملاً تصویر گونه بوده‌است چنان‌که تصویر فاطمه را به عنوان یک ماده نورانی تفسیر کرده‌اند. نصیریه بر این باورند که مسیحیان نجران به این اعتراف کرده‌اند که فاطمه همچون مریم جایگاهی رفیع دارد.