امام خمینی در بهمن یا اول اسفند سال ۱۳۵۸ش، شش فقیه را برای عضویت در شورای نگهبان انتخاب کرد و با انتخاب شش حقوقدانِ شورا در ۲۶ تیر ۱۳۵۹ش توسط نمایندگان مجلس، اولین جلسه این شورا تشکیل شد. البته پیشینه نظارت بر قانون‌گذاری در ایران، در اصل دوم متمم قانون اساسی مشروطه وجود داشت که به «اصل طراز» معروف بود و براساس آن، اظهارنظر درباره شرعی بودن مصوبات قوه مقننه بر عهده مجتهدین طراز اول بود. این اصل در ۳ جمادی‌الاول ۱۳۲۵ق به تصویب رسید.در قانون اساسی مصوب سال ۱۳۵۸ش نام این شورا، «شورای نگهبان قانون اساسی» ذکر شده بود؛ اما در بازنگری قانون اساسی قید «قانون اساسی» حذف شد؛ زیرا شورای نگهبان تنها ناظر و پاسدار قانون اساسی نیست و وظیفه پاسداری از شرع را نیز بر عهده دارد.
وظایف
فقهای اولین دوره شورای نگهبان در افتتاحیه اولین دوره مجلس شورای اسلامی،‌ خرداد ۱۳۵۹ش.شورای نگهبان، براساس قانون اساسی، وظایف و مسئولیت‌های متعددی دارد که برخی از آنها برعهده همه اعضا و بعضی تنها برعهده فقهای این شورا است. وظایف این شورا که در اصل ۹۱ تا ۹۹ قانون اساسی آمده، عبارتند از:
انطباق قوانین با شرع: براساس اصل چهارم قانون اساسی، تمام قوانین و مقررات مدنی، جزایی، مالی، اقتصادی، فرهنگی، نظامی، سیاسی و... باید براساس موازین اسلامی باشد و تشخیص آن برعهده شورای نگهبان است. در اصل ۹۶ آمده است عدم مغایرت مصوبات مجلس با احکام اسلام توسط اکثریت فقهای شورای نگهبان مشخص می‌شود.
در راستای این مسئولیت شورا، «مجمع مشورتی فقهی» جهت ارائه نظرات مشورتی به شورای نگهبان و یاری در بررسی مسائل فقهی در سال ۱۳۸۰ش تأسیس شد.

1. انطباق قوانین با قانون اساسی: براساس اصل ۹۶ قانون اساسی، تشخیص عدم مغایرت مصوبات مجلس شورای اسلامی با قانون اساسی برعهده اعضای شورای نگهبان است.در صورتی که شورا مصوبات مجلس را مغایر با قانون اساسی تشخیص دهد، آن را برای تجدیدنظر و اصلاح به مجلس بازمی‌گرداند و اگر مجلس و شورا در مصوبه‌ای اختلاف کردند، مصوبه به مجمع تشخیص مصلحت نظام فرستاده می‌شود. همچنین تشخیص عدم مغایرت مصوبات و قوانین دولتی با شرع برعهده شواری نگهبان است. گفته شده نظارت بر عدم مغایرت مصوبات شوراهای اسلامی باشرع نیز برعهده شورا است.
2. تفسیر قانون اساسی: تفسیر قانون اساسی بر عهده شورای نگهبان است.تفسیر شورای نگهبان را مانند اصل قانون اساسی معتبر شمرده‌اند.
3. نظارت بر انتخابات و همه‌پرسی: براساس اصل ۹۹ قانون اساسی، نظارت بر انتخاباتمجلس خبرگان رهبری،‌ ریاست جمهوری، مجلس شورای اسلامی و همه‌پرسی برعهده شورای نگهبان است. این نظارت شامل همه مراحل انتخابات - از مرحله ثبت‌نام داوطلبان و تأیید صلاحیت تا آخرین مرحله آن- است.
   از دیگر وظایف و مسئولیت‌های شورای نگهبان عبارتند از: حضور در مراسم تحلیف رئیس جمهور، حضور در مجلس شورای اسلامی هنگام تصویب طرح یا لایحه فوری، حضور در شورای بازنگری قانون اساسی، حضور در شورای موقت رهبری (یکی از اعضا)، عضویت فقهای شورا در مجمع تشخیص مصلحت نظام.
   ساختار
   شورای نگهبان دارای دبیرخانه و تشکیلات اداری تخصصی و دارای یک دبیر، یک قائم‌مقام و یک سخنگو است که برای مدت یک سال انتخاب می‌شوند. دبیر و قائم‌مقام باید از اعضا باشند؛ ولی سخنگو از خارج از اعضای شورا نیز می‌تواند انتخاب شود.جلسات شورای نگهبان دو روز در هفته تشکیل می‌شود. در مواردی بنا به ضرورت جلسات فوق‌العاده نیز برگزار می‌گردد.جلسات شورای نگهبان با حضور هفت عضو رسمیت می‌یابد؛ اما در موارد ضروری یا رأی‌گیری،‌ نُه عضو باید حضور داشته باشند. جلسات فقهای شورا با حضور چهار نفر به رسمیت می‌رسد.
   اعضا
   براساس اصل ۹۱ قانون اساسی، شورای نگهبان از شش فقیه و شش حقوقدان تشکیل می‌شود. فقها توسط مقام رهبری منصوب می‌شوند و شش حقوقدان نیز از سوی رئیس قوه قضائیه به مجلس شورای اسلامی معرفی و با رأی مجلس به عضویت شورا درمی‌آیند. همچنین عزل و قبول استعفای فقهای شورای نگهبان برعهده رهبری و پذیرش استعفای حقوقدانان بر عهده رؤسای قوه قضائیه و رئیس مجلس است. اعضای شورا در هر دوره برای مدت شش سال انتخاب می‌شوند.اولین دبیر شورای نگهبان، محمدرضا مهدوی کنی (۲۴ تیر ۱۳۵۹-۲۴ آبان ۱۳۵۹ش) بود و پس از او به ترتیب، لطف‌الله صافی گلپایگانی (۲۴ آبان ۱۳۵۹-۲۴ خرداد ۱۳۶۷ش)، محمد محمدی گیلانی (۲۴ تیر ۱۳۶۷ش-۲۴ تیر ۱۳۷۱ش) و احمد جنتی (۲۴ تیر ۱۳۷۱ش تاکنون) دبیر این شورا بوده‌اند.
   شرایط
   طبق اصل ۹۱ قانون اساسی، فقاهت، عدالت و آگاهی از مقضیات زمان و مسائل روز، شرایط عضویت فقیهان در شورای نگهبان است. شرط حقوقدانان نیز حقوقدان و مسلمان بودن است.