روح‌الله خمینی در ساعت ۲۲ و ۲۰ دقیقه ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ به ساعت رسمی ایران به علت سکته وسیع قلبی درگذشت. خبر فوت وی در ساعت ۷ صبح ۱۴ خرداد در اولین بخش خبری رادیو سراسری ایران به اعلام عمومی رسید. خبر درگذشت او را محمدرضا حیاتی خواند، این بخش خبری و صدای محمدرضا حیاتی یکی از معروف‌ترین بخش‌های خبری در ایران است و بارها شنیده شده‌است.روح‌الله خمینی افرادی را با تعیین اولویت جهت خواندن وصیت‌نامه خود برای مردم مشخص کرده بود، این افراد به ترتیب عبارت بودند از احمد خمینی، رئیس‌جمهور، رئیس مجلس، رئیس دیوان عالی کشور و در نهایت یکی از فقهای شورای نگهبان قانون اساسی، در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ وصیت‌نامه روح‌الله خمینی توسط سید علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت در مجلس خبرگان رهبری خوانده شد و بعد از چندین ساعت بحث، مجلس خبرگان سید علی خامنه‌ای را به عنوان دومین رهبر جمهوری اسلامی ایران برگزید.
تشییع و تدفین
آیت الله خمینی همانگونه دفن می‌شد که زندگی کرده بود، در کانون یک توفان دینی-همایون کاتوزیان، مورخ ایرانی برای برگزاری مراسمی جهت وداع، پیکر روح‌الله خمینی در روز ۱۵ خرداد ۱۳۶۸ به مصلای تهران منتقل شد، یخچال بزرگی با دیوارهای شیشه‌ای بر روی چند کانتینر به‌طوری قرار گرفت تا مردم بتوانند جسد پیچیده در کفن را که عمامه‌ای سیاه به نشانه انتساب به سادات بر روی سینه داشت را ببینند. نماز میت در ساعات اولیه روز ۱۶ خرداد توسط سید محمدرضا گلپایگانی خوانده شد.

پس از نماز ابتدا تصمیم گرفته شد برای تشییع جنازه کامیونی تابوت حامل پیکر را به بهشت زهرا که در ۲۰ کیلومتری مصلا بود منتقل کند و یک هلی کوپتر از آغاز مسیر تابوت را همراهی می‌کرد، در میانه راه به علت هجوم جمعیت زیادی که برای تشییع پیکر آمده بودند تابوت و کفن از هم پاشید. جمعیت هیجان زده از کنترل خارج شده بود، کامیون به سمت خاکی جاده منحرف شد و هلی کوپتر به زحمت به زمین نشست و جسد را برای تکفین مجدد به جماران منتقل کردند. سپس از طریق رسانه‌ها اعلام شد که خاکسپاری به روز بعد موکول شده تا از حجم جمعیت کاسته شود و در نهایت با حضور احمد خمینی و اکبر هاشمی رفسنجانی تدفین انجام شد و کانتینری جهت حفاظت بر روی قبر قرار گرفت، جمعیت شرکت‌کننده در این مراسم تا ۱۰ میلیون نفر برآورد می‌شود که بزرگترین تشییع جنازه دنیا لقب گرفته‌است، برخی منابع به کشته شدن یا صدمه دیدن عده‌ای در ازدحام این جمعیت هم اشاره کرده‌اند ولی آمار رسمی در این زمینه وجود ندارد. مراسم تشییع وی دارای رکورد گینس بزرگترین تشییع جنازه جهان است که بنا بر گزارش رسانه‌های ایران ده میلیون و بنا به گزارش رسانه‌های غربی دو میلیون نفر در آن شرکت کردند.

آرامگاه

در ابتدا چند گزینه برای محل دفن وی در نظر گرفته شده بود، این گزینه‌ها عبارت بودند از جماران، مسجد جمکران، مصلای تهران، حرم فاطمه معصومه، کوشک نصرت در قم و بهشت زهرای تهران که در نهایت تصمیم به دفن جسد در زمینی خالی در نزدیکی بهشت زهرا گرفته شد تا امکان گسترش این مکان فراهم باشد. تا یک سال از درگذشت نخستین رهبر جمهوری اسلامی هیچ بنای خاصی جهت پذیرایی از مردمی که علاقه‌مند به حضور در این مکان بودند وجود نداشت و در سال‌های بعد بنایی بزرگ در محل دفن وی ساخته شده که توسعه آن تا امروز نیز ادامه دارد. امروزه این مکان موقعیتی است برای اعلام وفاداری افراد مختلف به نظام جمهوری اسلامی و ایده‌های بنیانگذارش و از سیاسیون گرفته تا دانشجویان و از کارکنان دولت تا دانش‌آموزان با حضور در این مکان بنا بر اصطلاح ادبیات رایج در جمهوری اسلامی با آرمان‌های امام راحل تجدید میثاق می‌کنند

بسیاری از ناظران و تحلیلگران انتظار داشتند پس از مرگ نخستین رهبر جمهوری اسلامی کشور دچار هرج و مرج شود، انتظاری که محقق نشد، همایون کاتوزیان در کتاب ایرانیان دو دلیل را برای این امر برمی‌شمرد، یک اینکه حکومت آن طور که تصور می‌شد یک‌نفره نبود و دو این که بر اساس آنچه در مراسم تشییع و تدفین روح‌الله خمینی دیده نظام هنوز پایگاه گسترده مردمی داشت

«ژاپن تایمز» روزنامه انگلیسی زبان چاپ توکیو با ستایش از خمینی نوشت «مورّخان دوره‌های آینده مطمئناً آیت‌الله خمینی را به عنوان بزرگترین و پرتلاش‌ترین رهبر عصر حاضر معرفی خواهند کرد، رهبری که در میان شخصیت‌های متعدد تاریخ کمتر رقیب داشت. آیت‌الله خمینی ایران را به قدرتی مهم در خاورمیانه تبدیل کرد.» پس از سید روح‌الله خمینی رهبری تبدیل به نهادی اداری شد که ساختاری بوروکراتیک و سازمان یافته دارد. مدت کوتاهی پس از انقلاب ایران روح‌الله خمینی در نامه‌ای دستور داد تا از چاپ تصویرش بر روی اسکناس‌ها و تمبرهای کشور خودداری شود، اما پس از درگذشت وی تصویرش بر روی اسکناس‌های ایران نقش بست.

سالگرد

چهاردهمین روز خرداد هر سال در تقویم رسمی جمهوری اسلامی ایران به عنوان رحلت حضرت امام خمینی و یک روز تعطیل رسمی است. در این روز به مدیریت و برنامه‌ریزی ستاد مرکزی بزرگداشت حضرت امام خمینی مراسمی در حرم روح‌الله خمینی برگزار می‌شود که شامل سخنرانی رهبر جمهوری اسلامی و حسن خمینی به عنوان تولیت حرم است