در شعبان ۱۳۱۱ق/۱۲۷۲ش وارد نجف و با شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی هم‌حجره شد. در درس سید محمد فشارکی و شریعت اصفهانی شرکت نمود و درس‌های خود را با سید ابوالحسن اصفهانی و سید علی کازرونی مباحثه می‌کرد. مدرس به هنگام اقامت در نجف روزهای پنجشنبه و جمعه هر هفته کار کرده، درآمد آن را در پنج روز دیگر مصرف می‌کرد.^[  پس از هفت سال اقامت در نجف و تأیید مقام اجتهاد او از سوی علمای نجف در سال ۱۳۲۴ق به اصفهان بازگشت.

تدریس

مدرس پس از بازگشت به اصفهان، صبح‌ها در مدرسه جده کوچک، فقه و اصول و عصرها در مدرسه جده بزرگ، منطق و شرح منظومه و در روزهای پنجشنبه نهج البلاغه را تدریس می‌کرد با ورود به تهران درس خود را در ایوان زیر ساعت در مدرسه سپهسالار آغاز کرد. وی در (۲۷ تیر ۱۳۰۴ش) تولیت این مدرسه را به عهده گرفت و برای اولین بار طرح امتحان طلاب را به مرحله اجرا درآورد و به منظور حسن اداره این مدرسه، نظام‌نامه‌ای تدوین کرد و امور تحصیلی طلاب را مورد رسیدگی قرار داد و سعی در احیا و آبادانی روستاها و مغازه‌های موقوفه مدرسه کرد

از معروف‌ترین شاگردان وی سید کمال‌الدین نوربخش دهکردی، محمد شریعت سنگلجی، میرزا ابوالحسن شعرانی، میرزا علی آقا شیرازی، مهدی الهی قمشه‌ای، بدیع الزمان فروزانفر، سید مرتضی پسندیده و جلال الدین همائی بودند.

دوران قاجار

سید حسن مدرس وزیر کابینه موقت مهاجرین هنگام جنگ جهانی اول.

• در زمان مشروطه، مدرس به حمایت از جنبش مشروطیت برخاست و در کنارحاج آقا نورالله اصفهانی، برای تدارک و تقویت مشروطه‌خواهان کوشید. با اوج‌گیری جنبش مشروطه‌خواهی و دوران استبداد صغیر، مدرس به همراه حاج آقا نورالله، انجمنی با عنوان انجمن ملی تشکیل داد و خود به نایب رئیسی این انجمن انتخاب شد. وی با مشروطه‌خواهان بختیاری، مخفیانه در تماس بود و همکاری داشت.^[۱۲]
• پس از فتحتهران و پیروزی مشروطه‌خواهان، مقدمات تأسیس دوره دوم مجلس شورای ملی فراهم و انتخابات به صورت عمومی برگزار و مجلس تشکیل شد. بر اساس اصل دوم متمم قانون اساسی مشروطه، باید پنج نفر از مجتهدان در مجلس حضور داشته و بر مصوبات مجلس به ‌منظور عدم مغایرت آنها با احکام شرع نظارت داشته باشند. به این منظور، مراجع نجف بیست نفر از مجتهدان از جمله مدرس را به مجلس شورای ملی معرفی کردندو مدرس هم بر اساس قرعه انتخاب شد.

اعتبارنامه مدرس در مجلس شورای ملی.

• با تصویب مجلس دوم، کارشناسی به نام مورگان شوستر، به مدت سه سال به‌عنوان خزانه‌دار کل کشور استخدام و مشغول رسیدگی به امور مالی ایران شد، ولی ازآنجا‌که ادامه فعالیت وی، منافع و امتیازها و در نتیجه نفوذ سیاسی روس و انگلیس را نقض می‌کرد دولت روسیه در ذی‌حجه ۱۳۲۹ق با هم‌داستانی دولت انگلیس اولتیماتومی مبنی بر عزل مورگان شوستر و... صادر کرد و در پی آن، قشون روس وارد بندر انزلی شد و تاقزوین پیشروی کرد. مدرس نطق تندی در مجلس انجام داد و همین امر در رأی مخالف مجلس برضد اولتیماتوم موثر بود.
• وی در سومین دوره مجلس شورای ملی، افزون بر وظیفه نظارتی، نمایندگی مردم تهران را نیز بر عهده داشت. با شروع جنگ جهانی اول، ایران رسماً خود را به‌عنوان دولت بی‌طرف اعلام کرد، ولی نیروهای متفقین با نقض بی‌طرفی ایران، وارد خاک کشور شدند با پیشنهاد مدرس و موافقت مجلس، قرار شد گروهی از نمایندگان به منظور مخالفت با قوای متجاوز بهقم مهاجرت کنند و یک دولت سایه در کنار دولت اصلی تشکیل دهند. بدین منظور بیست و هفت نفر از نمایندگان مجلس به همراه گروهی از رجال سیاسی و مردم عادی، تهران را به قصد قم ترک کردند. مهاجران در قم کمیته‌ای با عنوان «کمیته دفاع ملی» تشکیل دادند. اما قشون روس روانه قم شد ودر پی شکست مهاجران، گروهی به همراه سلیمان میرزا و مدرس از راه کاشان به اصفهان و از راه کوه‌های بختیاری خود را به غرب ایران رساندند. در شعبان ۱۳۳۶ق با پایان یافتن جنگ اول جهانی، مدرس به همراه دیگر مهاجران پس از دو سال، به تهران بازگشت و در مدرسه سپهسالار به تدریس مشغول شد

دوره پهلوی

مدرس و کابینه سید ضیاء طباطبایی

کابینه سید ضیاء طباطبایی شماری از رجال دولت و مجلس را برای جلوگیری از مقاومت و قیام احتمالی دستگیر و زندانی کرد. مدرس نیز در شمار زندانیان سیاسی قرار گرفت. او ابتدا در محل قزاقخانه قدیم برای چند روز زندانی شد، ولی بعدها او را به همراه شیخ حسین یزدی که سابقه دوستی خوبی با مدرس نداشت، به‌وسیله گاری پُست به قزوین تبعید و در آنجا زندانی شد. بعد از دولت سید ضیاء، مدرس به تهران بازگشت

مخالفت با رضاخان

• در مجلس چهارم، مدرس با قرارداد ۱۹۱۹م مخالفت کرد و مانع تصویب اعتبارنامه برخی از نمایندگان شد.در این دوران رضاخان در مقام وزارت جنگ در امور لشکری، کشوری و مالی، مداخله می‌کرد. مدرس در آغاز با سردار سپه مدارا کرد، ولی بعدها با اقدامات او مخالفت کرد
• رضاخان در انتخابات مجلس پنجم توانست با حمایت نظامیان، هواداران خود را وارد مجلس کند و در نخستین اقدام، تغییر رژیم سلطنتی ایران به حکومت جمهوری را در دستور کار قرار داد. مدرس برای آگاهی علما نامه‌های بسیاری درباره ماهیت جمهوری رضاخانی نوشت و بهقم فرستاد. سردار سپه در پی سفری به قم بنا به خواست علما انصراف خود را از جمهوری به صورت رسمی اعلام کرد. چالش‌ها ادامه داشت و مدرس تنها راه چاره را استیضاح رئیس‌الوزراء تشخیص داد. وی در ۷ مرداد ۱۳۰۳ش به همراه شش تن از نمایندگان، رضاخان را به دلیل سوء سیاست داخلی و خارجی، قیام و اقدام بر ضد قانون اساسی و حکومت مشروطه و نیز تحویل ندادن اموال مقصران به دولت استیضاح کراما این اقدامات به جایی نرسید و سردار سپه رأی اعتماد گرفت.
• صبح۷ آبان ۱۳۰۵ش هنگامی که مدرس برای تدریس به سوی مدرسه سپهسالار رهسپار گشت، در خم کوچه‌ای از پشت سر و جلو و نیز پشت‌بام او را هدف گلوله قرار دادند اما مدرس با ترفندی جان سالم بدر برد.
• در آبان ۱۳۰۶شحاج آقا نورالله اصفهانی، عالم با نفوذ اصفهان، همراه شماری از روحانیان آن شهر در اعتراض به برخی برنامه‌ها و اقدامات رضاخان به قم مهاجرت کرد و از علمای سراسر کشور نیز خواست تا به منظور اعلام همدردی و اعتراض به رضاخان به قم مهاجرت کنند. مدرس اقدام آنان را تأیید و با آنها اظهار همدردی و همکاری کرد

تبعید و شهادت

شامگاه ۱۶ مهر ۱۳۰۷ سرتیپ درگاهی، رئیس شهربانی تهران و همراهانش به منزل مدرس هجوم آوردند و وی را ابتدا به یکی از روستاهای اطراف مشهد و سپس به شهر دورافتاده خواف تبعید کردند. شهید مدرس در خواف در قلعه‌ای نظامی زندانی شد و تحت نظر شدید مأموران امنیتی قرار گرفت و ممنوع‌الملاقات شد. دوران تبعید او بیشتر از نه سال طول کشید. سرانجام غروب رمضان سال ۱۳۵۷ق برابر با ۱۰ آذر سال ۱۳۱۶ش سه مأمور نزد مدرس آمدند و چای سمی را به اجبار به او خوراندند. ماموران که دیدند خبری از اثر سم نیست، عمامه سید را در هنگام نماز از سرش برداشتند، برگردنش انداختند و او را خفه کردند. وی در شهر کاشمر به خاک سپرده شد.

بازسازی آرمگاه مدرس

محدوده وسیعی در حدود ۵۰ هزار متر مربع در زمان حکومت پهلوی برای آرامگاه شهید مدرس در نظر گرفته می‌شود ولی بازسازی قبر وی پس از انقلاب اسلامی صورت پذیرفت. امام خمینی که در سخنان خود بارها از شخصیت و فعالیت‌های مدرس تمجید می کرد^[ در ۲۸ شهریور سال ۱۳۶۳ش طی پیامی به عباس واعظ طبسی تولیت آستان قدس رضوی از او خواست آرامگاه سید حسن مدرس را تعمیر و بازسازی کند.

در سال ۱۳۶۳ش بنای آرامگاه جدید به جای مقبره کوچک قبلی و در میان باغ وسیع و محصوری در کاشمر ساخته شد. این بنا از یک گنبد مرکزی، چهار ایوان و گنبد فیروزه‌ای شکل گرفته به سبک معماری اسلامی و به اسلوب عصر صفوی بنیان گردیده است.^[۲۹]