پدرش امام محمد باقر)ع ( وی را به نام عموی نیاکانش جعفر طیّار(ع)، "جعفر" نام نهاد. حضرت جعفر بن محمد(ع) دارای یک کنیه معروف به نام "ابوعبدالله" و دو کنیه غیر معروف به نام‏های " ابواسماعیل" و " ابوموسی" بود. هم چنین، دارای القابی چند بود که معروف‏ترین آن‏ها عبارت است از: صادق، صابر، طاهر و فاضل.

 شیعیان و محبّان اهل بیت(ع)وی را به " صادق آل محمد(ص) " می‏شناسند. زیرا آن حضرت، هرگز سخنی جز راست و درست، چیزی نفرمود. پدر ارجمندش ،امام محمد باقر (ع) است که نَسَب وی با دو واسطه به امیر مؤمنان حضرت علی (ع) و با سه واسطه به پیامبر اکرم (ص) منتهی می‏گردد.

مادر گرامی امام جعفر صادق (ع)، فاطمه، معروف به " اُمّ فروه" از زنان نیکو سرشت، نیکوکار و نیکورفتار عصر خویش بود. این بانوی باتقوا و متدّین، از جهت فضیلت و منقبت، سرآمد زنان روزگار خود به شمار می‏آمد و امام صادق(ع) در شأن و مقام وی فرمود: مادرم از زنانی بود که ایمان داشت، تقوا پیشه کرده و نیکوکاری می‏نمود و خدا، نیکوکاران را دوست دارد.

امام جعفر صادق (ع) به مدت دوازده سال، حیات با برکت جدّ گرامی‏اش امام زین العابدین (ع) را درک کرد و از مکتب تربیتی و علمی وی بهره وافر یافت. هم چنین، آن حضرت به مدت 32 سال از وجود شریف پدرش امام محمد باقر (ع) برخوردار بود و در تمام رویدادهای مهم در کنار پدر ارجمندش قرار داشت. مدت امامت امام جعفر صادق(ع)، 33 سال و ده ماه (از ذی حجه سال 114 تا 25 شوال سال 148 قمری) بود و در ایّام زندگی با برکت خویش با خلافت غاصبانه چند تن از خلفای اموی و دو تن از خلفای عباسی به شرح ذیل معاصر بود:

1- عبدالملک بن مروان (65 – 86 ق )

 2- ولید بن عبدالملک (86 - 96 ق )

 3- سلیمان بن عبدالملک (96 – 99)

4- عمر بن عبدالعزیز (99 - 101 ق )

5- یزید بن عبدالملک (101 - 105 ق)

 6- هشام بن عبدالملک (105 - 125 ق )

 7- ولید بن یزید (125 - 126 ق )

 8- یزید بن ولید (126 - 126 ق )

 9- مروان بن محمد (126 - 132 ق ) 10

- ابوالعباس سفاح (132 - 136 ق )

11- منصور دوانقی (136 - 158 ق )

گفتنی است که نُه نفر اوّل از طایفه بنی امیه و دو نفر آخر از خاندان بنی عباس بودند و آن حضرت از هر دو طایفه، سختی‏ها و بی‏مهری‏های فراوانی دید؛ اما چون آن امام بزرگوار در انتهای دوران خلافت ستم کارانه امویان و در آغاز خلافت فریب‏کارانه عباسیان می‏زیست، فرصت مناسبی به دست آورد تا در زمان انتقال خلافت از یک طایفه غاصب، به طایفه غاصب دیگر و سرگرم شدن آنان به یکدیگر، مکتب اهل بیت (ع) را به مسلمانان بشناساند و زمینه ترویج و تبلیغ این مکتب را مهیّا سازد و از این راه، بیشترین بهره را نصیب اسلام و مسلمانان نماید.

آن حضرت با تشکیل حوزه علمیه و تعلیم شاگردانی مبرز، چون هشام، زراره و محمد بن مسلم، تحول شگرفی در جهان اسلام و مذهب شیعه پدید آورد و جهانیان را با اسلام ناب محمدی (ص) و مکتب حیات بخش اهل بیت (ع) آشنا ساخت. به همین جهت، وی را پایه گذار مذهب "امامیه" دانسته و شعیان امامی اثناعشری را " شیعه جعفری" می‏گویند. سرانجام این امام همام، در 65 سالگی به وسیله زهری که منصور دوانقی، به واسطه عوامل و مزدوران خود در مدینه، به آن حضرت خورانید، مسموم شد و به خاطر شدت زهر، به شهادت رسید. تاریخ شهادت وی، 25 شوال سال 148 قمری می‏باشد. امام موسی کاظم (ع) به همراه سایر فرزندان امام جعفر صادق (ع)، بدن مطهر پدر را پس از غسل، کفن و نماز، در جوار قبر پدر و جدش و عموی پدرش در قبرستان بقیع به خاک سپردند.