امام صادق با وجود ضعف حکومت اموی و درخواست شیعیان، برضد حکومت قیام نکرد. او درخواست‌های ابومسلم خراسانی و ابوسلمه را برای برعهده‌گرفتن خلافت رد کرد. امام صادق(ع) در قیام عمویش زید بن علی شرکت نکرد و شیعیان را نیز از قیام پرهیز می‌داد؛ بااین‌همه روابط حسنه‌ای با حاکمان زمان خود نداشت. او به جهت فشارهای سیاسی حکومت‌های اموی و عباسی از روش تقیه استفاده می‌کرد و به یارانش نیز چنین توصیه می‌کرد.
امام صادق(ع) به‌منظور ارتباط بیشتر با شیعیان، پاسخ به سؤالات شرعی آنها، دریافت وجوه شرعی و رسیدگی به مشکلات شیعیان، سازمان وکالت را تشکیل داد. فعالیت این سازمان در زمان امامان بعد گسترش پیدا کرد و در غیبت صغرا به اوج رسید. در زمان او فعالیت غالیان گسترش یافت. وی با اندیشه غُلُوّ به شدت برخورد و غالیان را کافر و مشرک معرفی کرد.
در برخی منابع آمده است امام صادق(ع) به علت احضار حکومت، به عراق سفر کرده و به کربلا، نجف و کوفه رفته است. وی قبر امام علی(ع) را که تا پیش از آن پنهان بود، به یارانش نشان داد. برخی از علماء شیعه معتقدند که امام صادق(ع) به دستور منصور دوانیقی و بر اثر مسمومیت شهید شده است. برطبق منابع روایی شیعه، وی امام کاظم(ع) را به عنوان امام بعد از خود به اصحابش شناسانده بود؛ اما به‌منظور حفظ جان وی، پنج نفر، از جمله منصور خلیفه عباسی را وصی خود معرفی کرد. پس از شهادت امام صادق(ع) فرقه‌های مختلفی در شیعه شکل گرفت که اسماعیلیه، فَطَحیه و ناووسیه از آن جمله‌اند.
از هشتصد کتاب درباره امام صادق(ع) نام برده‌اند که کتاب‌های اخبار الصادق مع ابی حنیفه و اخبار الصادق مع المنصور از محمد بن وهبان دبیلی (قرن ۴) از قدیمی‌ترین آنها است. برخی دیگر از کتاب‌ها درباره امام صادق(ع) عبارت است از: زندگانی امام صادق جعفر بن محمد(ع) نوشته سید جعفر شهیدی، الامام الصادق(ع) و المذاهب الاربعة نوشته اسد حیدر، پیشوای صادق از سیدعلی خامنه‌ای و موسوعة الإمام الصادق، تألیف باقر شریف قَرَشی.

شهادت امام صادق(ع)
شيخ كلينى و ديگران از ابو ايوب جوزى نقل مى‏كنند كه گفت: ابو جعفر منصور شبانه به سراغ من فرستاد. پس نزد او رفتم. منصور بر صندلى نشسته و روبه‏رويش شمعى قرار داشت و در دستش نامه‏اى بود. چون به او سلام گفتم نامه را به سويم افكند در حالى كه مى‏گريست گفت: اين نامه محمد بن سليمان، والى مدينه، است كه در آن ما را خبر داده كه جعفر بن محمد به‏درود حيات گفته است. آنگاه سه مرتبه گفت: «انا لله و انا اليه راجعون‏». ديگر مانند جعفر كجاست؟آنگاه به من گفت: بنويس. من در جاى كتابت نشستم منصور گفت: بنويس اگر جعفر به كسى بعد از خود وصيت كرد او را پيش آر و گردنش را به شمشير بزن. در پاسخ او نوشتند: جعفر بن محمد به پنج نفر وصيت كرده است: ابو جعفر منصور، محمد بن سليمان، عبد الله و موسى از فرزندانش و حميدة. منصور با ديدن نام اين افراد گفت: هيچ راهى براى كشتن اينها وجود ندارد.

ابن شهر آشوب در مناقب از داود بن كثير رقى، نقل كرده است كه گفت: يكى از اعراب نزد ابو حمزه ثمالى آمد. ابو حمزه از او پرسيد: چه خبرى دارد؟گفت: جعفر صادق (ع) از دنيا رفت. ابو حمزه فرياد بلندى كشيد و بى‏هوش افتاد. چون به حال آمد پرسيد: آيا به كسى وصيت كرده است؟پاسخ داد: آرى به عبد الله و موسى، فرزندانش، و به ابو جعفر منصور وصيت كرده است. پس ابو حمزه خنديد و گفت: سپاس خدايى را كه ما را به هدايت رهنمون شد و بيان كرد براى ما از كبير و راهنمايى كرد ما را بر صغير و امرى عظيم را پوشيده داشت. چون از منظور وى پرسش كردند گفت: مقصود بيان كرد عيوب كبير (بزرگ) را و بر صغير (كوچك) دلالت كرد و صغير (موسى) را به اوصيا اضافه كرد و او را از جمله آنان دانست و امر امامت را با وصيت ‏به منصور نهان داشت‏ براى آنكه اگر منصور از وصى پرسش كند به او گفته مى‏شود وصى امام، تو هستى. عبد الله، اگر چه بزرگ‏ترين فرزند امام صادق (ع) بود، اما عيبى جسمانى داشت او افطح بود حال آنكه امام نبايد نقصى و عيبى داشته باشد. معذلك وى نسبت ‏به احكام دين هم آگاهى نداشت.

مسعودى در مروج الذهب نويسد: در سال ۱۴۸ هجرى ده سال از خلافت منصور گذشته بود كه ابو عبد الله جعفر بن محمد بن على بن حسين بن على بن ابى طالب وفات يافت وى در قبرستان بقيع و در كنار پدر و جدش به خاك سپرده شد. به هنگام وفات ۶۵ سال داشت و گفته شده كه او را مسموم كرده بودند. در اين قسمت از بقيع بر قبور آنان سنگ مرمرى است كه بر روى آن نوشته شده:

«بسم الله الرحمن الرحيم الحمد لله مبيد الامم و محيى الرمم هذا قبر فاطمه بنت رسول الله (ص) و سيدة نساء العالمين و قبر الحسن بن على بن ابى طالب و على بن الحسين بن على بن ابى طالب و محمد بن على و جعفر بن محمد عليهم السلام